Ohjelman tavoitteena on tukea julkisviranomaisten toimintaa ja parantaa aluekehityspolitiikan- ja ohjelmien vaikuttavuutta. Siinä keskitytään ennen kaikkea rakennerahasto-ohjelmien, mutta myös alueyhteistyöohjelmien toiminnan ja vaikuttavuuden parantamiseen. Ohjelmassa on neljä temaattista aluetta:

1) tutkimus, teknologian kehittäminen ja innovaatiot;
2) pk-yritysten kilpailukyky;
3) vähähiilinen talous;
4) ympäristö ja luonnonvarojen käytön tehokkuus.

Ohjelmasta rahoitetaan alueidenvälisiä yhteistyöprojekteja (interregional cooperation projects). Ohjelman pääkohderyhmä ovat julkiset organisaatiot, joten hakijoita voivat olla esimerkiksi paikallis-, alue- ja kansallisen tason viranomaiset. Hankekonsortioissa on oltava vähintään kolme kumppania vähintään kahdesta EU-jäsenvaltioissa. 

Interreg Europe -ohjelman budjetti on 359 miljoonaa euroa koko ohjelmakaudella.